Rasmol




Пространственная структура KPRS_BACSU(PDB ID 1DKU)

Заголовок структуры:TRANSFERASE

Название структуры:
CRYSTAL STRUCTURES OF BACILLUS SUBTILIS
2 PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHATE SYNTHETASE: MOLECULAR BASIS OF
3 ALLOSTERIC INHIBITION AND ACTIVATION.

В документе представлены следующие цепи макромолекул:
 
Идентификатор цепи Число остатков Название молекулы Комментарии
  A   25  PHOSPHORIBOSYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE
(фосфорибозилпирофосфатная синтетаза) 		 
  B   25   PHOSPHORIBOSYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE
(фосфорибозилпирофосфатная синтетаза) 		 

В документе представлены следующие низкомолекулярные вещества:
 
ID Название Формула Число молекул Комментарии
  AP2   PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID
(фосфометилфосфиновая кислота) 		 C11 H17 N5 O9 P2   2 (по одной в каждой цепочке)  
  ABM  METHYL PHOSPHONIC ACID
(ALPHA-METHYLENE ADENOSINE MONOPHOSPHATE)
(метил фосфиновая кислота
(альфа-метилен аденозин монофосфат)) 		  C11 H16 N5 O6 P   2 (по одной в каждой цепочке)  
  HOH   Вода   H2 O   180  

 

Cкрипт для RasMol.

 

Cтруктурa белка в RasMol

Структура моего белка по форме похожа на бабочку.
Аппроксимирую мой белок сферой. Радиус равен 42,32 A (Distance ARG104B.CZ-ARG54A.NH2:42,32). Объем молекулы примерно равен 3,17*10(^5) a=3,17*10(^-25) m^3

Сколько молекул моего белка поместится в одной клетке Escherichia coli, если аппроксимировать клетку цилиндром r=0.5µm и h=2µm ?
Объем клетки Escherichia coli при аппроксимировании ее цилиндром r=0,5µm и h=2µm, равен 1,57µm =1,57*10(^-18) m^3. Тогда в одну клетку поместится 1,57*10(^-18) /3,17*10(^-25) =4952681 молекул моего белка.

Предположим, что все 4400 белков кишечной палочки были синтезированы одновременно и в равных количествах. Предположим, что размеры всех белков одинаковы и равны размерам моего белка. Предположим, что в клетке ничего нет, кроме белков. Сколькими молекулами будет представлен каждый белок?
Мой белок будет представлен 4952681/4400=1125 молекулами.

Предел разрешения светового микроскопа оценивается как n/2, где n - длина волны. Сколько молекул белка потребуется, чтобы создать объект, видимый под световым микроскопом?
Известно, что средняя длина световой волны 600 нм, предел разрешения светового микроскопа 300 нм. Площадь видимого объекта 9*10^4 нм=9*10^6 A. Площадь моего белка 5623 А. Значит видимыми будут 9*10^6/ 5623=1600 молекул моего белка.



Аспарагин в RasMol

Третья аминокислота моего белка - аспарагин - выделяется в RasMol из всей молекулы протеина командой: restrict ASN8:A. Молекулы различаются, так как ChemSketch создает только эскиз молекулы, не учитывается влияние атомов друг на друга, а RasMol это учитывает и это обуславливает его форму.



Аспарагин в ACD ChemSketch


© Alisa Garaeva